El convento de la Merced fue fundado por los mercedarios calzados bajo patronazgo de los Reyes Católicos, aunque su instalación sobre el antiguo matadero del Albaicín se produjo en 1514.

Después de ser adaptado a sede de la Capitanía General en 1844, la iglesia fue dividida en dos alturas y fueron demolidas la portada, similar a la del Hospital Real, y la torre. Nuevas reformas tuvieron lugar cuando se instaló la sede del Gobierno Militar (1951). Lo que mejor se conserva del primitivo convento es su claustro, con su escalera original, y la armadura de la nave de la iglesia.