En origen fue la huerta del colindante Colegio de San Pablo de la Compañía de Jesús, pasando todo el complejo a la Universidad de Granada cuando la Orden fue expulsada de España en el año 1767.

Su creación es consecuencia del nuevo plan de estudios universitarios de 1776, aunque no se materializará hasta el primer tercio del siglo siguiente. El cercado exterior, con las tapias y enrejado se realizó hacia 1875, donde destaca la portada de la calle Duquesa, donde se sitúan los relieves de dos ilustres botánicos: Mariano La Gasca y Antonio José Cavanilles.

Cuenta con 70 ejemplares arbóreos de gran porte, destacando un Ginkgo biloba, uno de los primeros ejemplares plantados en la Penisula Ibérica. Hoy, su valor estético como jardín romántico e histórico situado en el centro de Granada prima sobre el científico que justificó su creación, especialmente tras la creación del Jardín Botánico de la Cortijuela en 1965.