Son origine fut le jardin du Colegio de San Pablo de la Compañía de Jesús voisin, tout le complexe passant à l’Université de Grenade quand l’Ordre fut expulsé d’Espagne en 1767.

Sa création résulte du nouveau programme d’études universitaires de 1776, même si elle ne se concrétisera pas avant le premier tiers du siècle suivant. La clôture extérieure, avec les murs et les grilles, fut réalisée vers 1875. Est digne de mention la porte de la rue Duquesa où se trouvent les reliefs de deux grands botanistes:  Mariano La Gasca et Antonio José Cavanilles.

Le jardin se compose de 70 exemplaires d’arbres de grande taille, notamment un ginkgo biloba, l’un des premiers exemplaires plantés dans la péninsule ibérique. Aujourd’hui, sa valeur esthétique en tant que jardin romantique et historique situé en plein cœur de Grenade est plus importante que l’aspect scientifique pour lequel il a été initialement créé, surtout après la création du Jardin botanique de la Cortijuela en 1965.