Esta iglesia se erige sobre la mezquita mayor del arrabal del Albaicín, parte de su antiguo patio —sahn — conforma hoy el atrio de la iglesia. Su fundación como colegiata en el año 1527 tuvo por objeto el adoctrinamiento de la población morisca, cuya rebelión provocó el empobrecimiento de la institución y la reducción del proyecto arquitectónico original. El resultado fue un edificio a mitad de camino entre la tradición mudéjar y un clasicismo severo de estilo herreriano.

En 1771 se trasladó la colegiata al templo de los Santos Justos y Pastor en el centro de la ciudad y volvió a ser iglesia parroquial. Tras las desamortizaciones del siglo XIX asumió como anejas a las suprimidas parroquias de San Bartolomé, San Gregorio, San Cristóbal y San Luis. En 1936 fue arrasada por un incendio.