La iglesia se empezó a construir a iniciativa del prior Fray Alonso de Jesús Ortega en 1737 y se finalizó en 1759.

Fue costeada por la orden hospitalaria para acoger los restos de su fundador, San Juan de Dios, nacido en Monte Mayor (Portugal) que siendo niño vino a vivir a España. Cuenta con un hermosa portada barroca enmarcada por torres con capiteles de pizarra.

Es uno de los templos barrocos más significativos de España. Se encuentra dividida en dos cuerpos, y presenta planta de cruz latina, nave con capillas laterales, dos a cada lado, capilla mayor y coro. En su crucero destaca una elevada cúpula.

El Camarín del templo guarda una urna de plata maciza donde se encuentran las reliquias de San Juan de Dios. Su interior está ricamente ornado con obras escultóricas y pictóricas. Sus pinturas al fresco, representan santos, ángeles, virtudes y episodios de la vida de San Juan de Dios.