La construction de l’église débuta sur l’initiative du prieur Fray Alonso de Jesús Ortega en 1737 et s’acheva en 1759.

Elle fut financée par l’ordre hospitalier pour accueillir les dépouilles de son fondateur, San Juan de Dios, né à Monte Mayor (Portugal), qui est venu vivre en Espagne lorsqu’il était enfant. Elle se compose d’une magnifique porte baroque flanquée de tours avec des chapiteaux en ardoise.

C’est l’un des temples baroques les plus importants d’Espagne. Distribuée en deux niveaux, elle présente une construction en croix latine, une nef avec des chapelles latérales, deux de chaque côté, la chapelle principale et le chœur. La croisée du transept est dotée d’une coupole élevée.

La petite chapelle du temple renferme une urne en argent massif où sont conservées les reliques de San Juan de Dios. L’intérieur est richement décoré d''œuvres sculpturales et picturales. Les fresques représentent des saints, des anges, des vertus et des épisodes de la vie de San Juan de Dios.