La iglesia del convento de San José de las Carmelitas Descalzas es de una sola nave con crucero poco desarrollado. Destacan sus dos portadas con frontones partidos y pirámides con bolas: una en los pies de la iglesia y la otra en el lado de la Epístola. Son idénticas y se coronan por hornacinas con esculturas de Alonso de Mena: San José con el Niño en la principal, y la Virgen del Carmen con Santa Teresa en la lateral. Alberga importantes reliquias de San Juan de la Cruz y objetos de Santa Teresa de Jesús.